天然药物学系组建于1996年12月，现由生药学研究室、天然药物化学研究室、生药学生物技术研究室、药用植物研究室、海洋药物与生物合成研究室、中药代谢研究室和中药研究室组成。其最早的前身是成立于1941年的中药研究所生药学部，当时由著名生药学家赵燏黄先生任生药学部主任；后来在生药学部和化学部组成的中药研究所的基础上，于1943年成立北平大学医学院药学系。1951年以后生药学领域的著名学者楼之岑先生、诚静容先生、林启寿先生等相继来我系任教，并长期担任学科带头人。楼之岑教授于1994年当选中国工程院院士。

　　我系是国家首批认定的生药学硕士、博士学位授权点和博士后流动站，为大学本科学生开设生药学、天然药物化学、药用植物学等课程，还设立10多门硕士及博士生课程。多年来，培养了一大批高层次人才，其中，6人获得国家杰出青年基金，2人获得国家优秀青年基金，5人入选教育部新世纪人才，3人入选北京市科技新星。

　　我系学术梯队合理，力量雄厚，现有教师29人，其中，教授11名，副教授8名，博士生导师10名，具有博士学位的教师25名。先后有5位教授获得国家杰出青年基金，2位教授获得国家优秀青年基金。第十一届国家药典委员会委员5名。2005年，生药学科研究团队入选教育部创新团队支持计划。

　　本系具有良好的科研环境，有较宽敞的实验室和先进的仪器设备。药学院有核磁共振仪、质谱仪、红外、紫外、荧光光谱仪和LC-MS联用仪可供使用。本系拥有1台500MHz核磁共振仪、3台液质联用仪、30多台超高压和高压液相色谱仪以及高速逆流色谱仪、气相色谱仪、照相显微镜、DNA扩增仪等仪器设备。

　　在中药现代化和国际化总体战略思想指导下，以完善我国具有优势和特色的中医药体系和新药创制为目标，我系形成了以下研究方向：天然药物活性成分与新药研究；中药品种鉴定与质量评价研究；中药复杂体系物质基础与作用机制研究；海洋药物与生物合成研究。

　　近五年，天然药物学系承担了国家及省部级科研项目100余项，发表论文400多篇（其中SCI收载论文200多篇），授权专利16项，获得新药证书2项。研究成果获得国家自然科学奖二等奖1项，国家科技进步奖二等奖2项，省部级奖励4项。屠鹏飞教授荣获2016年度“全国脱贫攻坚奖”、2017年度“全国创新争先奖状”和“吴阶平医药创新奖”。

　　今后，天然药物学系将针对活性先导化合物和创新药物的发现、中药现代化与国际化等重大问题开展深入研究，为我国中医药事业和中药产业发展做出更大的贡献。